腰高壁を作成したいのですが、面の加工で壁を貫通すると枠が残ってしまいます。

他の壁に接続されない状態の壁を貫通した場合、貫通した端の面が残る仕様となっています。 面の加工の「出っ張らせる」で床に加工を行うか、パーツを配置してご対応ください。